環境によってなんとか…っていうのの原因がわかりました！
style “gimp-default-style” —（☆）
という記述の次に
{
font_name = “Meiryo 9″ —（☆）
}
と書き足すところまではいいのですが、（☆）の行のダブルクォーテーションの違いで（全角と半角の違い、違う文字コードなど）で結果が変わってしまうようです。上手くいかない時はダブルクォーテーションを消して打ち直してみるのがいいかもしれません。
GIMP公式では、
C:\Users\(ユーザー名)\.gimp-2.8\gtkrc
を書き変えるのを推奨しているようでした。